บริเวณเกาะตันหยงอุมา และบ้านบากันโต๊ะทิด พบหญ้าทะเลจำนวน 4 ชนิด ได้แก่ หญ้าใบมะกรูด (Halophila ovalis) หญ้าคาทะเล (Enhalus acoroides) หญ้าชะเงาเต่า (Thalassia hemprichii) หญ้าเงาแคระ (Halophila beccarii) หญ้าทะเลชนิดเด่นในพื้นที่ คือ หญ้าใบมะกรูดและหญ้าชะเงาเต่า สถานภาพโดยรวมอยู่ในระดับสมบูรณ์ปานกลาง นอกจากนี้ยังพบรอยกินหญ้าทะเลของพะยูนกระจายทั่วบริเวณเกาะตันหยงอุมาด้านทิศเหนือ สัตว์น้ำชนิดเด่นที่พบบริเวณแหล่งหญ้าทะเลในทั้งสองพื้นที่ คือ กลุ่มดอกไม้ทะเล (Sea anemone) และดาวทราย (Astropecten bengalensis) คุณภาพน้ำ ความลึก 0.1 - 4 เมตร อุณหภูมิ 30-31 องศาเซลเซียส ความเค็ม 30 พีพีที ความเป็นกรด - ด่าง 7.8-8.0 ขยะทะเลในแหล่งหญ้าทะเลที่พบส่วนใหญ่ ได้แก่ ถุงและขวดพลาสติก ขวดแก้ว และเศษอวน